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水產試驗所興建的澎湖水族館，位在澎湖縣白沙鄉，占地約二點五公頃，建築面積四千六百餘平方公尺，是一座兩層樓建築，規畫瞬間最大容量為五百人，展示的水族則為以水族館所在地白沙鄉為中心，半徑八百公里內臺灣海峽及南中國海中的各式生物。 從大門入館，遊客在一樓可依序參觀沿岸展示區、珊瑚展示區、大洋展示區，每區入口都設有視聽室，先為遊客進行四分鐘的多媒體簡報。二樓則設有水產研究展示區、專題展示水槽、能容納六十八人的視聽中心，還有一座觸摸池，放置如海參、貝類、海星等水中生物，讓遊客摸得到。在戶外，尚有一座涼亭式的瞭望台，可以眺望無垠的大海、白沙、潮間帶，以及隔海相對的員貝島和中突島。 沿岸展示區有四口二十二至六十二平方公尺不等的大池，分別展示沙岸生物、珊瑚淺坪生物、岩岸生物、以及海龜，四口中池展示魨類、蝦蟹類、鰻鯰、養殖貝類，六口小池展示寄居蟹、鱟、槍蝦、離鰭鯛、鳳螺和飛角魚。珊瑚礁展示區的主池長十四公尺、寬十公尺、深五公尺，除以模型展示珊瑚礁的型態外，還有五彩繽紛的珊瑚礁魚類悠閒其間，遊客可以隔著造價九百萬元的展示窗，也可以登上池頂俯望珊瑚礁世界。 珊瑚礁展示區內還有五口中池，展示小丑魚和海葵、活珊瑚、鯙類、夜行性魚類、鱈類，以及六口小池展示黑蝶貝、旋毛管蟲、櫻花蝦、龍蝦、硨磲貝、海蛞蝓。大洋展示區的主池長二十一公尺、寬十四公尺、深八公尺，水底隧道就是在八公尺水深下橫越這座主池。經由隧道圓弧造型透明的隧道頂，遊客可以觀賞巨大的大洋性洄游魚類，如體重數十公斤的鯊、鰹、魟、石斑等，在深水中生活的情形。 大洋展示區尚有五口中池，分別展示水母、養殖鯛類、旭蟹、養殖石斑類和頭足類 (如烏賊 ) 。水族館之營運，在觀光季節將收費供遊客參觀，非觀光季節則將供當地國中小學作為生物教學的輔助場所，讓澎湖的青少年能進一步深層瞭解海洋的世界。 資料來源:行政院農業委員會試驗所澎湖海洋生物研究中心附屬水族館http://www.ph.tfrin.gov.tw/2003index.htm 圖:行政院農業委員會試驗所澎湖海洋生物研究中心附屬水族館(一樓平面)http://www.ph.tfrin.gov.tw/Pages/OceanArea.html